پس از پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی و استقرار دولت جمهوری اسلامی ، تشکیلات و اختیارات سازمان اوقاف تدوین ، و در تاریخ 2/10/1363 به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید و براساس آن سازمان از نخست وزیری منتزع و با عنوان سازمان حج و اوقاف و امور خیریه به وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی وابسته گردید . به موجب این قانون ، سرپرست سازمان باید از طرف ولی فقیه مجاز در تصدی اموری که متوقف بر اذن ولی فقیه است باشد . در ادامه این تغییرات ؛ به موجب مصوبه شماره 462 مورخ 15/8/1370 شورای عالی اداری ؛ کلیه امور مربوط به اوقاف و امور خیریه از سازمان حج و اوقاف و امور خیریه منفک شده و به سازمان اوقاف و امور خیریه واگذار شد .